Wenn auch Ihr einen Ubuntu Server einsetzt, lässt sich auch die Aktualisierung über die Shell recht einfach machen.
Mit dem Befehl
sudo apt-get update
lässt die die APT Paketdatenbank aktualisieren und
mit dem Befehl
sudo apt-get upgrade
können die neusten Updates installiert werden (falls es welche gibt).
Sollte ein neuer Kernel mit den Updates installiert werden, so sollte das System neu gestartet werden:
reboot
Anschließend sollte das Ubuntu System wieder auf dem neusten Stand sein.